Medical Biology

Kocaeli University Faculty of Medicine, Department of Medical Biology was established in 1995. As of 2022, there are 2 professors, 2 associate professors and 3 Assistant professors members in the academic staff of the department. The department also holds 4 PhD and 5 M.Sc students. The department of medical biology contributes to the classes of Term I in medical school and handles lectures related to medical biology and genetics. In addition, the department is also responsible for handling medical biology classes in other faculties and departments across the university. The department owns a well-built laboratory with good infrastructure. Research on molecular and cellular biology is carried out to understand mechanisms involving in disease formation. In addition, the department has one of the most advanced proteomics laboratories in Turkey. From 2D gel electrophoresis to MALDI-TOF-TOF analysis, biological samples are comparatively analyzed. In some cases, LC-MS/MS analysis is also utilized to comprehensively cover the proteomes and perform label-free comparative proteome analysis. The department, on average, publishes 8 to 10 papers each year and contributes to the scientific community. Members of the department carry out projects as well supported by TUBİTAK and BAP. In addition, workshops and seminars are held by the department to support the educational network within Turkey.

Our Mission:

• To provide undergraduate and graduate education to educate students who can use up-to-date information and have ethical values, to provide qualified health services and to contribute to universal science through research.

Our Vision:

• To be a department that provides education by using current scientific knowledge and technology. Our graduates So far, 13 M.Sc students and 12 PhD students graduated from department of medical biology.

Projects:

Öğretim Üyelerimizin yürütücü veya araştırmacı olarak görev aldığı TÜBİTAK projeleri

1. 120N815 (1001), Tmprss2 Ve Katepsin L Proteinlerini Seçici Olarak Baskılayan ve Nsp10 Proteinini Parçalayan Geniş Etkili Yeni Anti-Korona Virüs Stratejilerinin Geliştirilmesi;15/03/2021-15/03/2023.
2. 120Z560 (1001), In vitro Koşullarda Hücre Yüzey Proteinlerinin Saflaştırılmış Rekombinant Turboid Enzimleri Aracılığı ile Biyotinilasyonu, Zenginleştirilmesi ve Tanımlanması; 15/01/2021-15/04/2023.
3. 220S017 (1001), Bakteriyal Kökenli Hok Proteini Kullanarak Yeni Bir Hücresel Mitofaji Modelinin Geliştirilmesi; 01/02/2021-01/02/2023.
4. 119Z080 (1001), Bor Içeren Antibiyotik Epetraborole ve Borik Asitin Bakteri Üzerine Etkisinin ASKA Klonlarının Fonksiyonel Genomik Analizi, 2 Boyutlu Jel Elektroforez Ve Transkriptomik Yaklaşımlarıyla Araştırılması; 01/09/2019 - 01/09/2022.
5. 217S375 (1001), Nükleer Hormon Reseptörü Olan Vitamin D Reseptörünün Plazma Membranına Translokasyonunun Moleküler Mekanizmasının Araştırılması, Plazma Membranında Protein-Protein ilişkilerinin Tespiti Ve Nörodejenerasyon ile Ilişkisi; 01/05/2018 - 01/05/2021.
6. 117S218 (1001), Meme Kanser Dokularında Karşılaştırmalı Serolojik Proteom Analizi Yaparak Meme Kanserinin Erken Tanısında Kullanılabilecek Potansiyel Biyomarker Moleküllerin Araştırılması; 01/12/2017 - 01/03/2020.
7. 118S806 (1002), Nörojenik Farklilaşmaya Tabi Tutulmuş Nöroblastoma Hücre Hattinda (Sh-Sy5y) Parkinson Hastalığı ile İlişkili Genlerin Seviyelerindeki Değişimlerin mRNA ve Protein Düzeyinde İncelenmesi; 01/12/2018 - 01/12/2019.
8. 214S170 (1001), Epilepsi Hastalarında Otoimmünite ile İlişkili Alt Tiplerin Araştırılması; 01/05/2015 - 01/11/2018.
9. 216S177 (1002), Nöroblastoma Hücre Hattında Parkin Ekspresyonunun Nükleer Proteom Üzerine Etkisi: Parkin Kanser Ilişkisinin Araştırılması; 01/09/2017 - 01/09/2018.
10. 114Z987 (1001), Keio Mutant Koleksiyonu, Moleküler, Genomik ve Proteomik Yaklaşımlarla Bor Genlerinin Araştırılması; 01/05/2015 - 01/11/2018.
11. 114S411 (1001), Gestasyonel Diyabetik Hastalarda Kan Plazması Çözünür Faktörlerinin Pankreas Beta Hücre Çoğalma, Apoptoz ve İşlevine Olan Etkilerinin Belirlenmesi; 15/10/2014 - 15/04/2017.
12. 113S965 (1001), Shsy-5y Hücre Hattında Fto (Fat Mass And Obesity Associated) Mutasyonlarının Etkilerinin Proteomik Yaklaşımlar Kullanılarak Karakterizasyonu; 15/04/2014 - 15/10/2016.
13. 113S868 (1001), Dört Farklı Kaynaktan İzole Edilmiş Mezenkimal Kök Hücrelerde Yeni Yüzey Membran Proteinlerinin Araştırılması, Tanımlanması Ve Biyomarker Olarak Kullanım Potansiyellerinin İncelenmesi; 15/03/2014 - 15/09/2016.
14. 114S412 (1001), Üç Farklı Protein Kaynağı Kullanarak Gestasyonel Diyabetin Patofizyolojisinin Ortaya Çıkarılması: Plasenta, Abdominal Kas ve Omental Yağ Dokusu; 01/11/2014 - 01/09/2016.
15. 214S323 (3001), Endometrium Kanseri ve Endometrial Hiperplazi Dokularında 2D-Dige Yöntemiyle Proteomiks Analizi; 15/03/2015 - 15/11/2016.
16. 110M760 (Uluslararası), Atımlı Lazerle İşlenen Yüzeylerin İnsan Umblikal Ven Endotel Hücreleri (HUVEC) Ve Düz Kas Hücreleri (HUVSMS) Üzerindeki Uzun Dönem Etkilerinin Mikroarray ve 2D Temelli Proteomiks Teknikler İle İncelenmesi; 15/07/2011 - 15/10/2013.
17. 110S387 (1001), Serumda bulunan Parkin proteininin izolasyonu, karakterizasyonu ve erken-başlayan Parkinson hastalığı ile ilişkisinin incelenmesi; 01/05/2011 - 01/05/2013.
18. 109S124 (1001), Ülkemizde farklı coğrafi bölgelerde bulunan III basamak hastanelerin yoğun bakım ünitelerinden enfeksiyon etkeni olarak izole edilmiş Acinetobacter baumannii izolatlarının moleküler epidemiyolojik olarak tiplendirilmesi ve yaygın epidemik klonların MLST tiplerinin belirlenmesi; 01/09/2009 - 01/03/2011.
19. 108S404 (1002), İnsan Diş Pulpası Kökenli Mezenkimal Kök Hücrelerin Karekterizasyonu Ve İn Vitro Farklılaşma Sürecinde Organel Düzeyindeki Değişiklerin Immunofloresans Yöntemlerle İncelenmesi; 01/04/2009 - 01/04/2010.
20. 104S217 (3501), Parkin Genlerinin İnsan Hücrelerinde Kontrollü Ekspresyonunun Hücreler ve Organeller Üzerindeki Etkisi; 01/04/2005 - 01/04/2009.
21. 107S276 (1001), Kemik İliği Kökenli Mezenkimal Kök Hücrelerin Sıçan Pankreas Adacıkları ile Ko-Kültürü'nün İnsülin Üreten Hücrelere Farklılaşma Potansiyeline Etkisi; 01/11/2007 - 01/11/2009.
22. 104S337 (1001), Yoğun Bakım Ünitelerinden İzole Edilmiş Olan Pseudomonas Aeroginosa Suşlarında Beta-Laktam Antibiyotik Direnci ile İlişkili İntegronların Tanımlanması, 01/05/2005 - 01/11/2007.

Sayfa Başı

Kocaeli Üniversitesi Bilimsel Araştırmalar Fonu:

1. Hipometilasyonun galleria melonella (Lepidoptera: Pyralidae)’nın immün sistemi ve antioksidan enzimlerin etkisi, 2016-2018.
2. 2007/076, İmipenem duyarlılığı ve OprD protein ekspresyonu arasındaki ilişkinin moleküler düzeyde incelenmesi, 2008-2009 .
3. 2007/001, Yenidoğan sarılığında genetik faktörler ve UDPGT 1A1 Gen Polimorfizmi, 2007-2008.
4. 2008/006, Sepsise bağlı akut böbrek yetmezliği hastalarında ön-koşullanmanın (preconditioning) önemi ve ısı şoku proteinlerinin (HSP) varlığının prognoz ve akut böbrek yetmezliği gelişimi ile ilintili olup olmadığının araştırılması, 2007-2008.
5. 2007/001, Kroner arter by-pass operasyonu uygulanan hastalarda antegrade ve retrograde kan kardiyoplesisinin Hsp proteinleri üzerindeki etkisi, 2007-2008.
6. 1999/1, Meme kanserlerinin sitogenetik ve moleküler genetik olarak incelenmesi ve bir tarama yönteminin geliştirilmesi, 1999-2001.
7. 2002/17, KOÜ Hastanesinde Meme Kanseri Tedavisine Alınan Hastaların BRCA1 Ve BRCA2 Genlerinin İncelenmesi, 2002-2004.
8. 2002/69, MTHFR geninde meydana gelen C677T ve A1298C mutasyonlarının stroke gelişimi üzerine etkileri, 2002-2004.
9. 2005/032, Kolon Kanserinde Apolipoprotein E (APO E) Gen Polimorfizminin Araştırılması, 2005-2007.
10. 2005/033Meme Kanserinde Mangan- Superoksit Dismutaz gen Polimorfizminin Araştırılıması, 2005-2007.
11. 2007/076, Kolon Kanserli Hastalarda Nitrik Oksit (NO), Endotelin (ET), Vasküler Endotelial Growth Faktör (VEGF), İnterlökin 2 (IL-2), İnterlökin 18 Düzeylerinin Tümörün Tipi, Grade ve Stage'i ile İlişkisi ve VEGF gen Polimorfizminin Araştırılması, 2007-2009.
12. 2011/035, Amiyotrofik Lateral Skleroz (ALS)’li Hastalarda SOD1,TDP43,FUS/TLS, ANG ve OPTN Gen Mutasyonlarının Taranması, 2011-2013.

Doğu Marmara Kalkınma Ajansı (MARKA) projesi:

1. Kocaeli Üniversitesinde Troponin I ve CK-MB tanı kitlerinin üretilmesi. TR42/13/GPD/1, 2013-2015.

Uluslararası Projeler:

1. BioRad Research and Development Firması tarafından desteklenen proje (ABD, USA), Testing the speed and reliability of V3 western workflow, 2012.

Workshops:

• Temel Klinik Proteomik Uygulamaları Kursu (KOÜ Özel) 6-10 Haziran 2011.
• I. Temel Klinik Proteomik Uygulamaları Kursu 2-6 Mayıs 2011/9-13 Mayıs 2011.
• II. Temel Klinik Proteomik Uygulamaları Kursu 17-21 Aralık 2012.
• III. Temel Klinik Proteomik Uygulamaları Kursu 14-16 Nisan 2014.
• IV. Temel Klinik Proteomik Uygulamaları Kursu 23-25 Haziran 2014.
• V. Temel Klinik Proteomik Uygulamaları Kursu 11-13 Mayıs 2015.
• I. Moleküler Klonlama ve Protein Uygulamaları Kursu 6-8 Kasım 2017.
• II. Moleküler Klonlama ve Protein Uygulamaları Kursu 3-5 Eylül 2018

Academic Staff:

• Professor.Dr. Murat KASAP (Head of the Department)

• Professor.Dr. Mehmet Doğan GÜLKAÇ

• Associate Professor. Dr. Emel ERGÜL

• Associate Professor. Dr. Gürler AKPINAR

• Asst.Prof. Aylin KANLİ

• Asst.Prof. Zehra Seda HALBUTOĞULLARI

• Asst.Prof. Banu İSKENDER İZGİ

Sayfa Başı